Pedro Afonso licenciou-se em medicina em 1993 pela Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra. Em 2001, especializou-se em psiquiatria, tendo realizado o seu internato complementar no Hospital Júlio de Matos. Obteve o grau de consultor em psiquiatria em 2015. Mestre em Ciências do Sono pela Faculdade de Medicina de Lisboa (2009). Concluiu, em 2011, o Doutoramento em Psiquiatria e Saúde Mental pela Faculdade de Medicina de Lisboa.

Foi professor convidado no Instituto de Ciências da Saúde da Universidade Católica Portuguesa, tendo sido o coordenador da Pós-Graduação em Psiquiatria e Saúde Mental (2012-2017).

Actualmente é Professor Auxiliar convidado de Psiquiatria na Faculdade de Medicina de Lisboa e colabora ainda, como professor convidado, na AESE – escola de direção e negócios, nos programas Executive MBA, PGL e PADE.

Ao nível científico publicou diversos artigos em revistas nacionais e internacionais peer review, bem como diversos livros científicos e de ficção.

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